学校十分重视干部队伍建设，始终以“坚持公正、扩大民主、注重实绩、择优选才”为导向，坚持注重顶层设计，将创新选任机制与依法依规操作相结合；坚持贯彻群众路线，将扩大民主与坚持党管干部原则相结合；坚持以人为本，将激发干部队伍活力与盘活干部人才资源相结合；坚持公开选拔，将竞争择优与有效提高人岗相适度相结合，科学区分民意在干部选任工作各个环节的不同作用和实现方式，在落实群众“知情权、参与权、选择权、监督权”方面进行了积极探索和有益实践，取得了显著成效。

截至2015年8月，吉林大学现有管理干部1844人，其中校本部1609人，各附属医院235人。全校共有中层管理干部912人，其中正处级及按正处级管理258人，副处级及按副处级管理654人。正处级及按正处级管理干部中，具有博士学位124人，硕士学位54人；年龄在40周岁以下24人，41至45周岁31人；具有正高级职称166人，具有副高级职称68人。副处级及按副处级管理干部中，具有博士学位230人，硕士学位204人；年龄在35周岁以下的26人，36至40周岁92人；具有正高级职称227人，具有副高级职称230人。