上海交通大学医学院的住院医师规范化培训工作起步较早。早在2004年，原上海第二医科大学就专门成立了校临床住院医师规范化培训工作领导小组和专家委员会，由医院管理处负责此项工作的日常管理，并相应制订了一系列住院医师规范化培训工作方案和制度。2006年起，所有进入交大医学院各附属医院从事临床工作的住院医师，不论学历高低，全部纳入培训范畴，统一培训标准及目标要求，明确规定了住院医师培训分为2个阶段，第一阶段培训3年，第二阶段培训2年。并将合格与否作为职称聘用的必备条件，对提高住院医生临床工作技能，发挥了很好的推动作用。
2010年，上海市将建立住院医师规范化培训制度作为贯彻落实国家医改方案的基础性工作加以重点推进，在全市统一实施住院医师规范化培训。交大医学院作为医学人才培养的高地，紧紧围绕国家及上海市卫生计生科教工作要点，将毕业后医学教育之住院医师规范化培训、专科医师规范化培训、全科医学人才培养、医教协同深化临床医学人才培养改革纳入学校的重点工作。在既往开展住院医师规范化培训工作的基础上，完善各项培训管理制度、加强培训管理工作、提升管理效能，以教学平台建设、培训质量督导、年度考核、师资培训、医教协同、国际交流等为抓手，形成统一的标准和要求，提升医学院毕业后医学教育的整体培训质量，逐步形成医学院毕业后医学教育的品牌。
目前，医学院共有5家附属医院获批国家级全科医师规范化培训医院，10家附属医院获批国家级住院医师规范化培训医院，12家附属医院获批上海市住院医师规范化培训医院。年均招录住院医师学员844名，占全市招录的35%。截至2016年，共培训学员5249名，累计培训合格住院医师3137名，占全市培训合格住院医师总数的40%。
2013年起，根据上海市统一部署，启动专科医师规范化培训工作，医学院各附属医院已获批201个专科医师规范化培训基地，累积招录专科医师1700多名，首批培训合格239人，占全市50%以上。
毕业后医学教育委员会

统一领导医学院毕业后医学教育工作；制订医学院毕业后医学教育工作发展战略、规划；审定医学院毕业后医学教育有关政策。下设毕业后医学教育办公室。

毕业后医学教育专家委员会

参与研究和制订医学院毕业后医学教育工作发展战略、规划及有关政策；负责制定各专业培训标准和考核标准等；审定培训、考核的实施方案和细则；指导和检查各培训基地的培训工作。下设各培训专业专家组。

毕业后医学教育办公室

在医学院毕业后医学教育委员会领导下具体执行毕业后医学教育日常管理工作；统一指导、协调、评估各培训基地的住院医师规范化培训、专科医师规范化培训工作；组织实施教学平台建设、培训质量督导、临床技能考核、师资培训等各项工作。办公室设在医院管理处。