学科建设是高等院校实现人才培养、科学研究、社会服务、文化传承和引领四大功能的基础，是推动高等院校建设发展的首要因素。首都医科大学以建设高水平研究型医科大学为战略发展目标定位，坚持 发扬优势、突出重点、培植特色、保障基础、加强应用 的学科建设方针，抓住一切机遇，努力建设高峰与高原学科，全面推进 一流大学 和 一流学科 的建设。

学校学科力量雄厚。是国家首批博士、硕士学位授权单位，现有8个一级学科博士学位授权点和11个一级学科硕士学位授权点；3个博士专业学位授权点和9个硕士专业学位授权点。已建立了临床医学、口腔医学、生物学、基础医学、公共卫生与预防医学、药学、生物医学工程、护理学和中西医结合等9个博士后科研流动站。依托学校的优势学科，建立了多层次的高水平学科平台，目前学校有10个国家重点学科（含培育学科），60个国家临床重点专科(含中医)，14个国家中医药管理局重点（培育）学科； 6个国家临床医学研究中心,1个国家儿童医学中心, 1个国家工程技术研究中心，1个国家工程实验室,1个省部共建国家重点实验室培育基地，4个教育部重点实验室，4个教育部工程研究中心，54个北京市重点实验室,10个北京市工程技术研究中心，1个北京实验室，1个北京人脑保护高精尖中心。
  在《首都医科大学发展战略规划（2004 2020年）》的指导下，学校确立了 十三五 学科建设发展规划，通过学科建设的跨越式发展和高峰与高原学科的建设，不断提升学科水平和影响力，推动学科研究成果的开发与应用，全面提高学校学科对社会的服务能力和水平，向世界一流学科迈进。