运气之说首见于《素问》七篇大论，系唐代王冰所补。宋代有人怀疑王冰所补非《素问》旧文，而是古医经《阴阳大论》的内容，其说待考，但王氏补辑之功，固不可没。迨至北宋运气学说大行，当时的著名科学家沈括对此有深入的研究，并在其《梦溪笔谈》里记载了运气学说的有关论述和验证实例。提出“随其所变，疾厉应之，皆视当时当处之候……岂可胶于一定”的看法。徽宗赵佶崇信道教，尤大力提倡运气之说，将其辑入当时“御撰”的《圣济经》和《圣济总录》，作为医学教育和医生考试的必要内容。并由官方颁布“运历”，预测下年度气候特点及其对农业的影响以及发病的规律，并据此确定治疗原则等。金代刘河间《素问玄机原病式》则以五运六气作为疾病分类的纲领，侧重以“火热”阐发疾病的病理机制，提出“六气皆从火化”、“五志过极皆为热甚”的理论。其后马宗素、程德斋等医家并有运气学之专著。明清以下，撰述亦多。其中以汪机《运气易览》、张景岳《类经.运气类》及《类经图翼》较为著名，所述较《素问》七篇大论更为系统明确，容易掌握。他们都主张言运气而不泥于运气，持论较为允当。清代陆懋修于其《世补斋医书》中提出“六气大周天论”，主张天时气象的变化每30年为一纪，60年为一周，360年为一大运，3 600年为一大周。

由于七篇大论内容深奥，文辞古朴，其主要精神和规则虽已确知并能推算，但有些内容尚未阐发清楚。如拘泥于其中的现成格局，则往往与实际天气情况不符，因此历来也遭到不少医家的反对。如南齐托名褚澄的《褚氏遗书》中认为：“气难预期，故疾难预定；气非人为，故疾难预测。推验多舛，拯救易误……吾未见其是也。”明代的缪希雍、清代的张倬等，均对此持以异议。

运气学说是以阴阳五行为核心，在天人相应的整体观念基础上建立起来的。

干支即天干地支，是中国古代用来记叙年、月、日、时和方位的符号，沿用至今。从早期的古六历(黄帝、颛顼、夏、殷、周、鲁六种古历的合称)到清代的时宪历，以至现时的农历，都通用干支记法。天干有十个，依次是甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸。原是古代记录次第的序数，由序数而用来记录一旬之日次。地支有十二个，依次为子、丑、寅、卯、辰、巳、午、未、申、酉、戌、亥。十二支来自十二个朔望月，最早用来记月。十干与十二支依次相配，天干在上，地支在下，共得60个组合，起于甲子，终于癸亥，称为一个甲子，可用来记更长的时间周期，因而东汉光武以后就逐渐用来记年。

无论是天干还是地支，其次第不只是单纯数字的排列，而且蕴有事物的由小到大，由盛而衰，妊养更替，新旧代谢的含义。因而在中医学上把它与季节、方位、脏腑性能、治疗方法等密切联系起来。

干支在运用于医学时，和医学的阴阳五行学说紧密配合。干支与阴阳相配，天干属阳，地支属阴；分开来说，则天干地支又可以再分阴阳，即单数为阳，双数为阴。天干中的甲、丙、戊、庚、壬属阳，称为阳干；乙、丁、己、辛、癸属阴，称为阴干。地支中的子、寅、辰、午、申、戌属阳，为阳支；丑、卯、巳、未、酉、亥属阴，为阴支。天干地支相配时一定是阳干配阳支，阴干配阴支，包括天干配五行和地支配五行。天干配五行，即以甲乙配于木，丙丁配于火，戊己配于土，庚辛配于金，壬癸配于水。地支配五行，则以寅卯配于木，巳午配于火，申酉配于金，亥子配于水，辰戌丑未配于土。

木运、火运、土运、金运、水运的统称，指五种不同的气候变化系统。《素问.天元纪大论》说：“甲己之岁，土运统之；乙庚之岁，金运统之；丙辛之岁，水运统之；丁壬之岁，木运统之；戊癸之岁，火运统之。”木火土金水本是五行之名，现在称为五运，说明二者有所不同。刘温舒说：“运之为言动也”(《运气论奥谚解》)，五行大都用来解释地面上的物质变化，五运则包括整个自然界的五行之气的运动。因此除己土庚金外，其他八干绝然不同。

主管每年全年气候变化的岁运称作“大运”，又叫“中运”，中运有太过与不及之分。太过即主岁的岁运旺盛而有余；不及即主岁的岁运衰少而不足。甲丙戊庚壬五阳干，均主岁运的有余，是为太过；乙丁己辛癸五阴干，均主岁运的衰少，是为不及。

除了主岁的大运外，还有分司一年五个运季的主运和客运。

指每年气候的一般常规变化。全年分作五步运行，即五个运季。从木运开始，而火运、土运、金运、水运，按五行相生的次第运行，每步运各主73日零5刻(一昼夜共100刻)。每年木运的起运都开始于大寒日，岁岁如此。各运的特点与五行的特性一致，在各运季主事时，其气候变化和人体脏腑的变化也就表现出与它相关的五行属性。

指每个运季中的特殊变化。每年的客运也分为木运、火运、土运、金运、水运五种。各运的特点也与五行的特性一致。客运的推算是在每年值年大运的基础上进行的，每年的值年大运就是当年客运的初运。客运的初运按照当年大运确定后，以下即按木火土金水五行相生的次序依次类推。如天干逢丁逢壬年的大运为木运，故1987年农历丁卯年客运的初运便是木运；木生火，故二运是火运；火生土，故三运是土运；土生金，故四运是金运；金生水，故五运是水运。又如天干逢甲逢己年的大运为土运，故凡遇此等年，其客运的初运便是土运；土生金，故二运是金运；金生水，故三运是水运；水生木，故四运是木运；木生火，故五运是火运。其余各年准此。

已知客运的推算是在每年值年大运的基础上进行的，而大运(即中运)又有太过和不及之分。阳干为太过，阴干为不及，故客运之年非太过即不及。太过是运本身之气胜，由于本身气胜，虽遇克我之气而不能胜我，我则能与胜我之气齐平，后世称为齐化。所以土太过则湿气流行，水太过则寒气流行，火太过则热气流行，金太过则燥气流行，木太过则风气流行。不及是运本身的气衰，由于本身气衰，更不能抵御克制之气，则胜我者乘我衰来兼其化，后世称为兼化。所以土不及则风气大行，风为木，木克土也；水不及则湿气大行，湿为土，土克水也；火不及则寒气大行，寒为水，水克火也；金不及则炎暑大行，炎为火，火克金也；木不及则燥气大行，燥为金，金克木也。

五行之气非太过即不及，但在运气化合上，则有运太过而被抑，运不及而得助等格局，而为平气之年，又称为正化。正化之年，在气候方面的征象就是无偏无颇，不胜不衰，五运之性，各守其平。所谓运太过而被抑，即凡属岁运太过之年，如果同年的司天之气在五行上与它是一种相克关系时，那么这一年的岁运便可因受司天之气的克制而不致太过，从而形成平气。如戊辰年火运太过，寒水司天，太过的火运被寒水之气所抑，因而变为平气。所谓运不及而得助，即凡属岁运不及之年，如果同年的司天之气在五行属性上与之相同，或它的年支五行属性与之相同，这一年的岁运也可以成为平气。如乙酉年，金运不及，燥金司天，不及的金运得燥金之气相助而为平气。又如丁卯年，木运不及，但寅卯在五行配于木，不及的木运得年支五行属性之助而为平气。此外，还有一种情况也可以产生平气。即每年初运交运的第一天，其年干和日干相合，或交运的时刻，其年干和时干相合，称为“干德符”亦为平气。

十二支与五行相配，在运气学说中也有所发展，这就是以十二支配三阴三阳六气。阴和阳本身都可按所含阴气阳气的多少而区分为三。所谓三阴由少到多就是厥阴(一阴)、少阴(二阴)、太阴(三阴)，所谓三阳由少到多就是少阳(一阳)、阳明(二阳)、太阳(三阳)。而六气则是风、寒、暑、湿、燥、火，六气各见五行特性。由于暑和火基本属于一类，所以一般不列暑与火，而把火分为君火与相火两种。三阴三阳与六气搭配则为厥阴风木，少阴君火，少阳相火，太阴湿土，阳明燥金，太阳寒水。每年的六气一般分为主气与客气两种，主气用以述常，客气用以测变。

主气和主运的意义基本相同，也是指每年各个季节气候的一般常规变化。其推算方法是把一年二十四节气分属于六气六步之中，从每年大寒日开始，按木、火、土、金、水五行相生之序推移，每一步为60天又87刻半。其次序为初之气厥阴风木，二之气少阴君火，三之气少阳相火，四之气太阴湿土，五之气阳明燥金，六之气太阳寒水。当某一气主令时，在各方面便会表现出与之相关的五行特点。

客气是各年气候上的异常变化。客气同主气一样也分为风木、君火、相火、湿土、燥金、寒水六种，其五行特点与主气一样。所不同的是，主气只管每年的各个节序，而客气除了主管每年的各个节序外，还可概括全年。客气也分六步。每步也是60天又87刻半。其中主管每年上半年和全年的客气叫做司天之气，为第三步，即三之气；主管每年下半年的客气叫在泉之气，为第六步，即六之气。在司天之气和在泉之气之间的四步气为四间气。这六步气的次序则是从阴阳先后次序和由小到大来排定的。即先三阴，后三阳，简称“厥、少、太，少、阳、太”。每年的司天之气，是由年支决定的，故《素问.五运行大论》说：“子午之上，少阴主之；丑未之上，太阴主之；寅申之上，少阳主之；卯酉之上，阳明主之；辰戌之上，太阳主之；巳亥之上，厥阴主之”。“上”，即是司天之义。也就是说，凡是逢子逢午之年，就是少阴君火之气司天；凡是逢丑逢未之年，就是太阴湿土之气司天；凡是逢寅逢申之年，就是少阳相火之气司天；凡是逢卯逢酉之年，就是阳明燥金之气司天；凡是逢辰逢戌之年，就是太阳寒水之气司天；凡是逢巳逢亥之年，就是厥阴风木之气司天。其余各气随之相应变动移位。客气起作用的变动由具体年份而定，重要的不是第一气，而是第三气(司天之气)和第六气(在泉之气)。其中又以司天之气最为重要，它代表了本年的特征性气候。

将逐年的司天客气加临于主气的第三气上，其余五气以次相加，称为客主加临，也就是把主气和客气放在一起来加以比较和分析。主气是一年中气候的一般变化，而客气则是一年中气候的特殊变化。只有先了解了一般变化，才能进一步分析特殊变化。把主气和客气对照起来加以比较分析，才能找出它们的变化规律，并观察其相生相克的关系。正如《素问.五运行大论》所说：“气相得则和，不相得则病，”客主之气彼此是相生的，便相得而安和，如果彼此是相克的，便不相得而为病。如丁卯年，卯酉阳明燥金司天。初气的主气是厥阴风木，客气是太阴湿土，既是木克土，又是主胜客，根据《素问.至真要大论》：“主胜逆，客胜从”，属于客主不相得的病气。二气的主气是少阳君火，客气是少阳相火，同一火气，同气相求，但须防其亢盛。三气的主气是少阴君火，客气是阳明燥金；四气的主气是太阴湿土，客气是太阳寒水；五气的主气是阳明燥金，客气是厥阴风木；六气的主气是太阳寒水，客气是少阴君火，均为主胜客的不相得的病气。

各年气候变化的详细情况单从运上来分析或单从气上来分析都不行，必须把各年的干支结合起来，也就是要把运和气结合起来，才能分析和推算出各年的大致气候，这正是运气学说的命意所在。

根据运和气的五行生克关系可以测定运和气的盛衰。运生气或者运克气叫做运盛气衰，气生运或者气克运叫做气盛运衰。运盛气衰的年份，在分析当年气候变化时，以运为主，气为次；气盛运衰的年份，在分析时，以气为主，以运为次。后世又以气生运为顺化，气克运为天刑，运生气为小逆，运克气为不和。认为顺化之年，变化较为平和；小逆及不和之年，变化较大；天刑之年，则变化特别剧烈。

主运客运、主气客气在60年周期中，除互为生克、互有胜负外，还有20余年的同化关系。所谓“同化”，又称“化洽”，即指运与气因属同类而同其施化，从而加强了作用。如通主一年的中运之气与司天之气相符合，称为“天符”；通主一年的中运之气与地支的五行属性相同，且地支方位当子、午、卯、酉、辰、戌、丑、未(即指当二十四气中的四立、二分、二至方位)八方，称为“岁会”；既为天符又为岁会的，称为“太乙天符”；中运之气与在泉之气相合的称“同天符”(阳年)、“同岁会”(阴年)。实际上这20余年都反映了干支之间的关系，由于作用的一致和协同，使得该年的气候特征更为突出。因此，须防其亢害为灾。故《素问.六微旨大论》说：“天符为执法，岁位为行令，太一天符为贵人”，“中执法者，其病速而危；中行令者，其病徐而持；中贵人者，其病暴而死。”

了解运气学说的基本法则后，就可运用它推测每年气候变化和疾病流行的一般情况和特殊情况。每年气候的一般情况是：春风、夏热、长夏湿、秋燥、冬寒。每年一般的发病情况是：春季肝病较多，夏季心病较多，长夏脾病较多，秋季肺病较多，冬季肾病较多，年年如此，周而复始。每年气候变化和疾病流行的特殊情况则要根据值年的大运和司天在泉之气来具体推算，并考虑到主运和客运、主气和客气，以及运气之间的各种格局。此外，在太过或不及的情况下，还要考虑到胜复的问题。所谓胜复，就是在偏胜过度的情况下，自然界或人体中都会相应产生一种复气，以制止过度的偏盛。至于司天之气，则主管上半年气候变化和相应病变，在泉之气则主管下半年气候变化和相应病变。从总的方面来讲，则司天之气又可影响在泉之气和间气而主管全年。