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中山大学中山医学院团委共有团组织163个，团员3246人。学院团委牢牢坚持和准确把握群团组织的政治性、先进性、群众性，曾获评2017年度“全国五四红旗团委”、2013年度“广东省五四红旗团委”等荣誉称号；2023年，学院2018级临床医学13班团支部获评“广东省五四红旗团支部”，2021级临床医学10班团支部获评“中山大学样板团支部”，中山医学院学生会获得“中山大学优秀学生会”等荣誉表彰。
在学院党委和上级团组织的坚强领导下，共青团中山大学中山医学院委员会坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指引，认真学习贯彻党的二十大精神，坚持立德树人根本任务，为党育人、为国育才，以学生成长为中心，扎实推进基层团建工作，在思想引领、创新创业、学术研究、文体艺术、社会实践等方面取得显著育人成效，学院青年学子年均获省级以上竞赛奖项数超过100项，以优异成绩向母校百年校庆献礼。