院内感染伴随着医院的产生而产生，对它的认识是逐步发展的。在医院这个特定的环境中，病人和病原微生物相对集中，形成了一些疾病的特殊传播途径，比如通过污染的医疗器械、针刺、输血甚至医务人员的手等，造成院内感染。
以前医务人员是没有院中感染的概念，那时候医院作为一些在现在看来箱单简单的外科手术，比如截肢，都有很高风险，死亡率达60%。而生产也是一件非常危险的事情，产褥热司空见惯，直到维也纳的一位产科医生摸索出一套生产的卫生消毒管理措施，才大大减少了产褥热的发生，被后人公认为院内感染控制方面的先驱。同时代的英国外科医生也摸索出一套行之有效的消毒、灭菌手段，在他所做的1000多例卵巢切除手术中，死亡率降低到4%。这是具有划时代意义的事情。
之后，抗生素的发明和使用使得院内感染大幅度降低了，然后抗生素的长期使用导致细菌耐药性的增强，也可能引起局部菌群失调，加上病原体的不断变异发展，给院内感染管理又提出了新的课题。
随着科技水平的不断发展，我们有条件实施以诊断和治疗为目的的各种复杂的外科手术或检查，比如通过使用免疫抑制剂进行器官移植、化学治疗等。有些手段引起人体免疫力下降，使得一些本来不应该致病的微生物称为院内感染的病原微生物。目前，人们对院内感染的了解逐步深入，消毒盒隔离的概念不仅为医院工作者，而且已经成为广大民众所知道，院内感染已经称为医学界的重要领域。
（1）根据病原体的种类进行分类可将院内感染分为细菌感染、病毒感染、真菌感染、支原体感染、衣原体感染及原虫感染等，其中细菌感染最常见。每一类感染有可根据病原体的具体名称分类，如柯萨奇病毒感染、爱柯病毒感染、铜绿假单孢菌感染、金黄色葡萄球菌感染等。
（2）根据感染来源不同，医院感染分为：
内源性感染（自身感染）：指免疫机能低下病人由自身正常菌群引起的感染。即病人在发生医院感染之前已是病原携带者，当机体抵抗力降低时引起自身感染。 外源性感染, 是指由环境或他人处带来的外袭菌群引起的感染。包括：交叉感染，在医院内或他人处（病人、带菌者、工作人员、探视者、陪护者）获得而引起的直接感染。环境感染由污染的环境（空气、水、医疗用具及其它物品）造成的感染。如由于手术室、空气污染造成病人术后切口感染，注射器灭菌不严格引起的乙型肝炎等。 =常见的医院感染 肺部感染：肺部感染常发生在一些慢性严重影响病人防御机制的疾病，如癌、白血病、慢性阻塞性肺炎，或行气管切开术、安置气管导管等病人中。判断肺部感染主要依据临床表现和X线透视或照片，其发生率在医院感染中约占23.3%～42%。肺部感染对危重病人、免疫抑制状态病人及免疫力衰弱等病人的威胁性大，病死率可达30％－50％。 尿路感染：病人在入院时没有尿路感染的症状，而在其住院期间24小时后出现症状（发热、排尿困难等），尿培养有细菌生长，或虽无症状，但尿标本中的白细胞在10个／ml以上，细菌多于105／ml，都可判为尿路感染。我国统计，尿路感染的发生率在医院感染中约占20.8%～31.7%, 66%～86%尿路感染的发生与导尿管的使用有关。 伤口感染：伤口感染包括外科手术及外伤性事件中的伤口感染，判断伤口感染主要看伤口及附近组织有无炎性反应或出现脓液，更确切是细菌培养。据统计伤口感染发生率在医院感染中约占25％。 病毒性肝炎：病毒性肝炎不仅在健康人中可以传染，在病人中更易传染。病毒性肝炎可分为甲型、乙型、丙型、丁型、戊型五种。 甲型肝炎和戊型肝炎的传染源是病人和无症状感染者，经消化道传染。病人排出带有病毒的粪便，未经消毒处理，污染了水源或食物，人们误食了未煮沸的水或未煮熟的食物而被传染，即粪口传染。 乙型肝炎、丙型肝炎、丁型肝炎的传染源是病人和病毒携带者，病毒存在于血液及各种体液中，传染性血液可透过皮肤、粘膜的微小损害而感染，还可通过母婴垂直传播，或通过输注血液制品，密切性接触而传染。