杭州市中医院外科近年来逐步发展成为以中西医结合治疗为特点的临床外科。科室拥有主任医师6名，副主任医师8名，主治医师10余名，博士1名，硕士8名，硕士生导师2名。拥有床位96张，每年收治病人约3000人，手术2000余例，其中Ⅲ、Ⅳ类手术占40%以上。是杭州市卫生局普外科临床住院医师规范化培训基地，是浙江省中西医结合急腹症的重点扶植学科。拥有国家自然基金、国家中医药管理局、省科技厅、省中医药管理局、市科技局等多项国家级、省部级科研课题，多次获得省、市中医药科研奖项。科室拥有腹腔镜、电子胆道镜等先进设备，是杭州市最早开展胆道镜检查、肝内外胆管取石术的医院之一。